De 1559 à 1629, le royaume de France vécut une séquence historique particulièrement dramatique.
Le Roi Très-Chrétien, qui s'engageait lors de son sacre à défendre l'Église et à exterminer les hérétiques, régnait désormais sur un pays profondément divisé par la question religieuse. Les protestants constituaient environ 10 % de la population française au début des années 1560. Les monarques étaient des jeunes gens incapables de gouverner par eux-mêmes ou des princes déconsidérés aux yeux de leurs sujets.
En dépit des efforts de Catherine de Médicis et du chancelier Michel de L'Hospital, qui accordèrent aux protestants la liberté de culte, le royaume sombra dans un chaos sans précédent. Les exactions se multipliaient, les batailles se succédaient et les massacres culminèrent en 1572, au moment de la Saint-Barthélemy. On assista même par deux fois à cette forme inouïe de violence qu est le régicide, avec l'assassinat d'Henri III en 1589 et celui d'Henri IV en 1610.
Grâce à l'édit de Nantes, les protestants finirent par bénéficier d'un régime de tolérance limitée, mais la religion de Calvin était désormais réduite à une toute petite minorité de fidèles dont le nombre ne cessa de décroître. Les troubles reprirent dans les années 1620, quand l'esprit de croisade souffla de nouveau, mais l'énergie de reconquête prit aussi d'autres formes, moins belliqueuses, et l'on assista, au cours des premières décennies du XVIIe siècle, à un renouvellement remarquable des formes de la piété catholique. Temps de crise sans précédent, les guerres de Religion constituent paradoxalement le creuset de la monarchie absolue d'Ancien Régime, qui se construisit justement sur les ruines d'un royaume déchiré par l'intolérance. Il fallait que le pouvoir royal soit désormais investi d'une puissance transcendante incontestée capable d'assurer la stabilité de l'État par-delà les questions confessionnelles. Henri IV était ainsi parvenu à reconstituer l'unité du royaume autour de l'idéal d'obéissance à la figure royale, et son fils, Louis XIII, bénéficia de ses succès pour achever de créer une monarchie puissante capable de s'imposer sur la scène européenne.
C'est l'histoire de ces déchirures et de ces mutations que ce livre retrace.